Razlika med POP3 in IMAP je v tem, da pri POP3 računalnik vsakokrat pobere vso pošto s strežnika in jo prikaže šele, ko je vsa pošta že na računalniku, pri protokolu IMAP pa ostane pošta ves čas na strežniku, vsebina posameznega sporočila pa se prenese šele takrat, ko kliknete na naslov poštnega sporočila. Tako lahko npr. zelo dolga sporočila, ki jih sploh ne želite prebrati, takoj pobrišete, ne da bi čakali, da se prenesejo na vaš računalnik. Dodatna prednost protokola IMAP je še ta, da se vsa prejeta sporočila nahajajo na strežniku, do katerega lahko dostopate tudi iz drugega računalnika.